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中心是在撤消连云港市卫生防疫站、连云港市皮肤病防治所、连云港市健康教育所等 3个财政拨款事业单位的基础上进行优化组合，重新组建而成，并于2002年4月28日正式挂牌，同时保留了“健康教育所”、“结核病防治所”、“放射卫生防护所”和“皮肤病防治所”四块牌子。中心设有办公室、党办（人事处）、监察室、财务科、总务科、科研质管科、综合业务办、急性传染性疾病防制科、慢性传染性疾病防制科、性病艾滋病防治科、免疫规划科、慢性非传染性疾病防制科、寄生虫与地方病防制科、放射卫生与病媒生物科、食品与学校卫生科、职业与环境卫生科、检验科、健康教育科等18个科室。中心主要承担了全市传染病、寄生虫病、地方病、非传染性疾病等预防与控制；突发公共卫生事件和灾害疫情应急处置；疫情及健康相关因素信息管理；健康危害因素监测与干预；疾病病原生物和理化检测、鉴定、评价；健康教育与健康促进；疾病预防控制技术管理与应用研究指导等7大类260多项公共卫生职能。